创新是企业发展的核心引擎。白云山制药总厂于1983年全国首家建立企业药物研究所，以国家级研发实力筑牢医药强国基石。秉承“研发决胜未来”理念，坚持以创新驱动高质量发展，打造了一支由20余名高级工程师领衔、70余名博硕士为骨干的高素质科研创新梯队，人才结构合理、研发实力突出。

依托国家级企业技术中心，企业构建起“国家—省—市”三级联动高水平创新平台，形成完整的“实验室—生产线—市场”全链条研发转化体系，创新成果持续涌现。近年来累计授权发明专利70余项（含美、日等国际专利），在研一类新药10余项，其中拳头产品“金戈”（枸橼酸西地那非片）荣获中国产学研合作创新成果奖一等奖；注射用头孢硫眯为首个中国人自主研发的头孢菌素，获国家技术发明二等奖，成为国产抗生素创新代表；1.1类抗肿瘤新药BYS10片获中、美临床许可，已进入关键注册临床试验；TRK抑制剂跻身国内第一梯队，技术专利荣获中国专利优秀奖。

在仿制药与质量技术领域，企业深耕抗感染、生殖健康、特色中成药等赛道，突破头孢菌素工业化结晶、聚合物杂质控制等行业关键技术，推动阿莫西林、头孢克肟、头孢丙烯等多个产品获评广东省名优高新技术产品，多项成果获国家及省部级科技进步奖、专利优秀奖。